Mulai tahun ajaran 1998/1999 Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) Universitas Islam Indonesia (UII) membuka jurusan/program studi baru yaitu Jurusan Farmasi. Pada awal tahun 2002 sudah mendapatkan status terakreditasi dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi RI. Berdasarkan perkembangan yang ada dan pertimbangan beberapa kemajuan yang sudah dicapai serta dukungan sistem manajemen UII yang sudah stabil, mulai semester ganjil tahun akademik 2002/2003 dibuka program baru, yaitu Program Pendidikan Profesi Apoteker yang saat ini bernama Program Studi Profesi Apoteker (PSPA). Program ini diselenggarakan dengan dukungan kerjasama Ikatan Apoteker Indonesia (IAI).
Program Studi Profesi Apoteker merupakan Program Profesi 1 tahun setelah menyelesaikan Sarjana Farmasi. Saat ini Program Studi Profesi Apoteker telah mendapatkan akreditasi A dari LAM PT Kes (Lembaga Akreditasi Mandiri Pendidikan Tinggi Kesehatan) dengan Nomor SK. 0059/LAM-PTKes/Akr/Pro/I/2017 tertanggal 29 Januari 2017. Sebagai universitas yangtelah berpengalaman dan didukung oleh sistem manajemen yang sudah stabil, Program Studi Profesi Apoteker terus tumbuh dan berkembang. Perkembangan terlihat dari perubahan sistem pembelajaran menjadi sistem blok. Pada perkembangannya saat ini Program Studi Profesi Apoteker UII telah mendapatkan Akreditasi Unggul dari LAM-PTKes pada tahun 2022.
