Sistem Perkuliahan yang berlaku di Program Pendidikan Profesi Apoteker Universitas Islam Indonesia adalah sebagai berikut :
- Reguler: Dilakukan sebanyak 12 kali pertemuan untuk setiap mata kuliah, diampu oleh satu atau lebih dosen dengan pembagian jumlah pertemuan sesuai kesepakatan.
- Blocking: Perkuliahan yang dilaksanakan selama satu hari dari pagi hingga sore (lebih kurang 7 jam) untuk 1 SKS mata kuliah.
- Kuliah Umum: Kuliah yang dilakukan secara blocking dengan mendatangkan akademisi dan atau praktisi, berupa materi pendukung profesi yang tidak masuk dalam perkuliahan.
- Diskusi: Kegiatan ini dilaksanakan oleh mahasiswa dengan mendatangkan akademisi dan atau praktisi yang sesuai dengan topik masalah yang didiskusikan.
- Tugas : Diberikan pada setiap mata kuliah.
