Tujuan Program Studi Profesi Apoteker Universitas Islam Indonesia adalah :
- Menghasilkan lulusan apoteker yang berkualitas sesuai standar kompetensi yang ditetapkan asosiasi profesi, unggul di bidang promosi kesehatan, berdaya saing tinggi, bermanfaat bagi masyarakat dan mampu menerapkan nilai-nilai keislaman.
- Menyebarluaskan ilmu pengetahuan dan praktek kefarmasian yang benar untuk meningkatkan kesejahteraan masyarakat.
- Memberikan kontribusi dalam pembangunan negara Republik Indonesia di bidang kesehatan melalui peningkatan kompetensi apoteker dan pengembangan praktek kefarmasian.
- Mengimplementasikan nilai-nilai keislaman dalam praktek kefarmasian dengan menjunjung tinggi keadilan dan kemanusiaan.
