Sasaran Mutu Program Studi Profesi Apoteker Universitas Islam Indonesia yaitu :
- Tepat waktu studi minimal 90%
- Indeks prestasi mata kuliah kompetensi > 3,00 minimal 80%
- Nilai praktek ibadah dengan hasil baik minimal 80%
- Tingkat kelulusan UKAI minimal 95%
- Berkarya dalam tahun pertama minimal 80%
- Nilai kinerja mengajar dosen > 3,00 (skala 0-4) minimal 80%
- Jumlah karya internasional minimal 2 artikel internasional dalam satu tahun
- Pelaksanaan kegiatan dakwah dan pengabdian masyarakat minimal 2 kali dalam 1 tahun