Misi Program Studi Profesi Apoteker Universitas Islam Indonesia adalah :
- Mendidik, melatih, dan membina calon apoteker yang berilmu amaliah, dan beramal ilmiah, berdasar iman dan taqwa kepada Allah SWT dan mampu berkompetisi di pasar global.
- Memberikan kontribusi untuk pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi di bidang kefarmasian dan kesehatan di tingkat nasional maupun internasional melalui kegiatan pengajaran, penelitian, pengabdian masyarakat dan dakwah islamiyah.
- Berperan aktif dalam pengembangan pelayanan kefarmasian sesuai kompetensi di tingkat nasional maupun internasional.
