Program studi Farmasi adalah salah satu program studi yang dimiliki oleh Universitas Islam Indonisia yang sejak tahun 1998 mulai menyelenggarakan pendidikan untuk jenjang Strata-I (S-1). Pada awal tahun 2002 sudah mendapatkan status terakreditasi dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi RI. Berdasarkan perkembangan yang ada dan pertimbangan beberapa kemajuan yang sudah dicapai serta dukungan sistem manajemen UII yan gsudah stabil, mulai semester ganjil tahun akademik 2002/2003 dibuka program baru, yaitu Program Pendidikan Profesi Apoteker. Program Pendidikan ini diselenggarakan dengan dukungan kerjasama Ikatan Apoteker Indonesia (IAI).